Pendant tout ce temps Saint-Martin ne reste pas replié sur lui-même ; tandis que les Pères prêtent leur assistance à diverses oeuvres apostoliques auprès des étudiants, des apprentis, des patronages en particulier, les élèves sont invités à participer à des activités caritatives, comme on dit aujourd’hui, telle la conférence de Saint- Vincent-de-Paul.
En 1903 et 1904, Émile Combes fait voter l’interdiction d’enseigner à tout membre d’une congrégation religieuse et la spoliation des biens des ordres religieux. Vingt-cinq congrégations enseignantes sont dissoutes, celle des Eudistes est du nombre. Le 31 juillet 1903, les Pères quittent Saint-Martin et se mettent en route vers la gare escortés de quelques milliers d’élèves, anciens élèves et amis. Quand le collège est mis en vente, en 1906, le docteur Gustave Regnault, ancien élève, le célèbre "médecin des pauvres", comme l’indique la plaque de la rue qui porte son nom à Rennes l’acquiert pour la somme de 101 217 Francs afin qu’il demeure une maison d’éducation religieuse.
C’est alors que les autorités diocésaines prennent en charge Saint-Martin par l’intermédiaire du chanoine Barbotin, nouveau supérieur (1903-1914), puis par celui du chanoine Cotel, son successeur jusqu’au retour des Eudistes en 1920. Il faut noter, pour la vérité historique, que pendant cette période, quelques Eudistes sont présents à Saint-Martin, camouflés pour ainsi dire, en membres du clergé diocésain.
La guerre de 1914-1918 cause bien des soucis à monsieur le chanoine Cotel : une grande partie des locaux du collège est transformée en hôpital militaire, de nombreux professeurs sont mobilisés et il faut pourvoir vaille que vaille à leur remplacement. Quelques années après la mort du docteur Gustave Regnault son fils le docteur Joseph Regnault, lui aussi ancien élève de Saint-Martin remet le collège dont il a hérité à ses légitimes propriétaires.